Описание
Записи данных
Данные этого находка ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 118 895 записей.
Также в наличии 2 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.
Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Lescot M, Lezzoche N (2026) Planktonic cummunities across the Northwestern Mediterranean Sea.OSU Institut Pythéas
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является OSU STAMAR. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 7d116cef-af47-4eb0-95a4-aaf69d54d325. OSU STAMAR отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF France.
Ключевые слова
Occurrence; Observation; Mediterranean Sea; marine biodiversity; plankton; Metabarcoding
Внешние данные
Ресурс также доступен в других форматах
| 18S V4 rDNA amplicon sequencing of marine water DNA samples collected in Norther-Western Mediterranean Sea from MOOSE-GE campain. | https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/PRJEB76575?download=true UTF-8 xml |
|---|---|
| A holistic perspective on planktonic communities across Northwestern Mediterranean Sea | https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.4303061 UTF-8 csv |
Контакты
- Originator
https://orcid.org/0009-0006-1844-2765
- Point Of Contact
Географический охват
N/A
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [39,995, 3,532], Север Восток [43,883, 9,633] |
|---|
Таксономический охват
Описание отсутсвует
| Kingdom | Chromista, Fungi, Animalia, Protozoa, Viridiplantae, Metazoa, Plantae |
|---|---|
| Phylum | Arthropoda, Nemertea, Haptophyta, Myzozoa, Ctenophora, Gastrotricha, Labyrinthulata, Heterokontophyta, Nibbleridia, Oomycota, Echinodermata, Mollusca, Radiozoa, Picozoa, Ascomycota, Platyhelminthes, Sulcozoa, Ciliophora, Bryozoa, Dinophyta, Annelida, Brachiopoda, Chordata, Rhodophyta, Amoebozoa, Xenacoelomorpha, Bigyra, Loukozoa, Hemichordata, Prasinodermatophyta, Chlorophyta, Cercozoa, Cryptophyta, Choanozoa, Porifera, Streptophyta, Nematoda, Euglenozoa, Basidiomycota, Chaetognatha, Phoronida, Ochrophyta, Chytridiomycota, Cnidaria |
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2017-09-01 / 2019-06-30 |
|---|
Данные проекта
he annual campaigns MOOSE-GE, initiated in 2010, are part of the long-term observation network of the Mediterranean, MOOSE, network labeled SOERE Allenvi and SNO by the INSU in 2016 and 2019. This observation network aims to monitor the long-term evolution of the northwestern Mediterranean in the context of climate change and anthropogenic pressure, in order to be able to detect and identify the trend of environmental anomalies in this marine ecosystem. MOOSE aims to maintain an integrated and multidisciplinary observation network in the Mediterranean Sea in accordance with the marine infrastructures ILICO, EURO-ARGO and EMSO and the global networks OceanSites and OceanGliders in which MOOSE is involved. The objectives of these campaigns carried out in 2010, 2011 and 2013 on the Tethys II (INSU), in 2012, 2014, 2015 on the Suroît then in 2016, 2017 and 2018 on the Atalante, and in 2019 and 2021 on Thalassa are : annual maintenance of the 4 moorings LION, DYFAMED in leg 1 then Planier and Lacaze-Duthiers in leg 2 (automatic measurements, particle traps). mapping and monitoring the evolution of water mass properties, biogeochemical content and zooplankton communities. training for Master M2 Sorbonne University (OACOS, OEM) and ENSTA students. deployment and collection of Argo profiling floats
| Название | MOOSE-GE |
|---|---|
| Идентификатор | https://doi.org/10.18142/235 |
Исполнители проекта:
Методы сбора
The MOOSE-GE network covers the north-western Mediterranean Sea, including the Lion Gulf and Ligurian Sea. Cruises in 2017, 2018 and 2019 were conducted respectively from 31 August to 23 September 2017, from 14 May to 06 June 2018 and from 08 June to 01 July 2019 with 16 biological stations in 2017 and 15 in 2018, and 18 in 2019. At each station, a rosette carrying 21 Niskin bottles (12 L) and equipped with a CTD (Seabird Electronics), measuring biophysical parameters at each depth (salinity, dissolved oxygen, fluorimetry, temperature) and a triple-net tow (64-200 and 500µm meshsizes) were deployed.
| Охват исследования | northwestern Mediterranean Sea |
|---|
Описание этапа методики:
- MOOSE-GE metabarcoding pipeline (https://gitlab.osupytheas.fr/moose/moose-pipeline) Nextflow pipeline inspired by SAMBA pipeline allowing to process MOOSE-GE 18SV4 barcode data. Bioinformatic steps : - Data integrity - [OPTIONAL] Raw data integrity checking (SAMBA) - Importing raw data - Create QIIME2 objects (SAMBA) - Primers removal - Remove primers from raw reads (SAMBA) - QC and feature table - QC and feature table and counts table (SAMBA) - ASV clustering - [OPTIONAL] Distribution and phylogeny based clustering (SAMBA) - Taxonomic assignation - IDTAXA classifier assignation with PR2 v5.0 DECIPHER trained reference database - Phylogeny - ASV sequences alignement and tree (SAMBA) - Phyloseq - Create R-Phyloseq object
Дополнительные метаданные
| Благодарности | |
|---|---|
| Альтернативные идентификаторы | https://ipt.data-terra.org/resource?r=plankton_metabarcoding_moose_ge_2017_2019 |