Metabarcoding dataset of plankton, in the northwestern Mediterranean, from MOOSE-GE campaigns (2017-2019).

Occurrence Observation
Dernière version Publié par OSU STAMAR le mars 3, 2026 OSU STAMAR
Accueil:
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
Date de publication:
3 mars 2026
Publié par:
OSU STAMAR
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

MOOSE GE is a yearly ocean-monitoring cruise which is part of the MOOSE program https://www.moose-network.fr, within the Research Infrastructure ILICO, the aim of which is to monitor the North-Western Mediterranean (considered to act as a model system for larger ocean basins).This dataset contains the taxonomic occurrence from metabarcoding collected by triple net (64, 200 to 500µm mesh) and niskin bottle.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 118 895 enregistrements.

2 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
118895
ExtendedMeasurementOrFact 
1307845
dnaDerivedData 
118895

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Lescot M, Lezzoche N (2026) Planktonic cummunities across the Northwestern Mediterranean Sea.OSU Institut Pythéas

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est OSU STAMAR. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 7d116cef-af47-4eb0-95a4-aaf69d54d325.  OSU STAMAR publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF France.

Mots-clé

Occurrence; Observation; Mediterranean Sea; marine biodiversity; plankton; Metabarcoding

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans dautres formats

18S V4 rDNA amplicon sequencing of marine water DNA samples collected in Norther-Western Mediterranean Sea from MOOSE-GE campain. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/PRJEB76575?download=true UTF-8 xml
A holistic perspective on planktonic communities across Northwestern Mediterranean Sea https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.4303061 UTF-8 csv

Contacts

Nolan Lezzoche
  • Créateur
Institut méditerranéen d'océanologie (MIO)
Aurélien Schmitt
  • Fournisseur Des Métadonnées
OSU STAMAR
Magali LESCOT
  • Personne De Contact
Institut méditerranéen d'océanologie (MIO)

Couverture géographique

N/A

Enveloppe géographique Sud Ouest [39,995, 3,532], Nord Est [43,883, 9,633]

Couverture taxonomique

Pas de description disponible

Kingdom Chromista, Fungi, Animalia, Protozoa, Viridiplantae, Metazoa, Plantae
Phylum Arthropoda, Nemertea, Haptophyta, Myzozoa, Ctenophora, Gastrotricha, Labyrinthulata, Heterokontophyta, Nibbleridia, Oomycota, Echinodermata, Mollusca, Radiozoa, Picozoa, Ascomycota, Platyhelminthes, Sulcozoa, Ciliophora, Bryozoa, Dinophyta, Annelida, Brachiopoda, Chordata, Rhodophyta, Amoebozoa, Xenacoelomorpha, Bigyra, Loukozoa, Hemichordata, Prasinodermatophyta, Chlorophyta, Cercozoa, Cryptophyta, Choanozoa, Porifera, Streptophyta, Nematoda, Euglenozoa, Basidiomycota, Chaetognatha, Phoronida, Ochrophyta, Chytridiomycota, Cnidaria

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2017-09-01 / 2019-06-30

Données sur le projet

he annual campaigns MOOSE-GE, initiated in 2010, are part of the long-term observation network of the Mediterranean, MOOSE, network labeled SOERE Allenvi and SNO by the INSU in 2016 and 2019. This observation network aims to monitor the long-term evolution of the northwestern Mediterranean in the context of climate change and anthropogenic pressure, in order to be able to detect and identify the trend of environmental anomalies in this marine ecosystem. MOOSE aims to maintain an integrated and multidisciplinary observation network in the Mediterranean Sea in accordance with the marine infrastructures ILICO, EURO-ARGO and EMSO and the global networks OceanSites and OceanGliders in which MOOSE is involved. The objectives of these campaigns carried out in 2010, 2011 and 2013 on the Tethys II (INSU), in 2012, 2014, 2015 on the Suroît then in 2016, 2017 and 2018 on the Atalante, and in 2019 and 2021 on Thalassa are : annual maintenance of the 4 moorings LION, DYFAMED in leg 1 then Planier and Lacaze-Duthiers in leg 2 (automatic measurements, particle traps). mapping and monitoring the evolution of water mass properties, biogeochemical content and zooplankton communities. training for Master M2 Sorbonne University (OACOS, OEM) and ENSTA students. deployment and collection of Argo profiling floats

Titre MOOSE-GE
Identifiant https://doi.org/10.18142/235

Les personnes impliquées dans le projet:

Coppola Laurent

Méthodes déchantillonnage

The MOOSE-GE network covers the north-western Mediterranean Sea, including the Lion Gulf and Ligurian Sea. Cruises in 2017, 2018 and 2019 were conducted respectively from 31 August to 23 September 2017, from 14 May to 06 June 2018 and from 08 June to 01 July 2019 with 16 biological stations in 2017 and 15 in 2018, and 18 in 2019. At each station, a rosette carrying 21 Niskin bottles (12 L) and equipped with a CTD (Seabird Electronics), measuring biophysical parameters at each depth (salinity, dissolved oxygen, fluorimetry, temperature) and a triple-net tow (64-200 and 500µm meshsizes) were deployed.

Etendue de létude northwestern Mediterranean Sea

Description des étapes de la méthode:

  1. MOOSE-GE metabarcoding pipeline (https://gitlab.osupytheas.fr/moose/moose-pipeline) Nextflow pipeline inspired by SAMBA pipeline allowing to process MOOSE-GE 18SV4 barcode data. Bioinformatic steps : - Data integrity - [OPTIONAL] Raw data integrity checking (SAMBA) - Importing raw data - Create QIIME2 objects (SAMBA) - Primers removal - Remove primers from raw reads (SAMBA) - QC and feature table - QC and feature table and counts table (SAMBA) - ASV clustering - [OPTIONAL] Distribution and phylogeny based clustering (SAMBA) - Taxonomic assignation - IDTAXA classifier assignation with PR2 v5.0 DECIPHER trained reference database - Phylogeny - ASV sequences alignement and tree (SAMBA) - Phyloseq - Create R-Phyloseq object

Métadonnées additionnelles