Metabarcoding dataset of plankton, in the northwestern Mediterranean, from MOOSE-GE campaigns (2017-2019).

Registro biológico Observación
Última versión publicado por OSU STAMAR el mar 3, 2026 OSU STAMAR
Inicio:
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
Fecha de publicación:
3 de marzo de 2026
Publicado por:
OSU STAMAR
Licencia:
CC-BY 4.0

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 118.895 registros en Inglés (29 MB) - Frecuencia de actualización: annual
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Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (11 KB)

Descripción

MOOSE GE is a yearly ocean-monitoring cruise which is part of the MOOSE program https://www.moose-network.fr, within the Research Infrastructure ILICO, the aim of which is to monitor the North-Western Mediterranean (considered to act as a model system for larger ocean basins).This dataset contains the taxonomic occurrence from metabarcoding collected by triple net (64, 200 to 500µm mesh) and niskin bottle.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 118.895 registros.

también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
118895
ExtendedMeasurementOrFact 
1307845
dnaDerivedData 
118895

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Lescot M, Lezzoche N (2026) Planktonic cummunities across the Northwestern Mediterranean Sea.OSU Institut Pythéas

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es OSU STAMAR. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 7d116cef-af47-4eb0-95a4-aaf69d54d325.  OSU STAMAR publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF France.

Palabras clave

Occurrence; Observation; Mediterranean Sea; marine biodiversity; plankton; Metabarcoding

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

18S V4 rDNA amplicon sequencing of marine water DNA samples collected in Norther-Western Mediterranean Sea from MOOSE-GE campain. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/PRJEB76575?download=true UTF-8 xml
A holistic perspective on planktonic communities across Northwestern Mediterranean Sea https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.4303061 UTF-8 csv

Contactos

Nolan Lezzoche
  • Originador
Institut méditerranéen d'océanologie (MIO)
Aurélien Schmitt
  • Proveedor De Los Metadatos
OSU STAMAR
Magali LESCOT
  • Punto De Contacto
Institut méditerranéen d'océanologie (MIO)

Cobertura geográfica

N/A

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [39,995, 3,532], Latitud Máxima Longitud Máxima [43,883, 9,633]

Cobertura taxonómica

No hay descripción disponible

Reino Chromista, Fungi, Animalia, Protozoa, Viridiplantae, Metazoa, Plantae
Filo Arthropoda, Nemertea, Haptophyta, Myzozoa, Ctenophora, Gastrotricha, Labyrinthulata, Heterokontophyta, Nibbleridia, Oomycota, Echinodermata, Mollusca, Radiozoa, Picozoa, Ascomycota, Platyhelminthes, Sulcozoa, Ciliophora, Bryozoa, Dinophyta, Annelida, Brachiopoda, Chordata, Rhodophyta, Amoebozoa, Xenacoelomorpha, Bigyra, Loukozoa, Hemichordata, Prasinodermatophyta, Chlorophyta, Cercozoa, Cryptophyta, Choanozoa, Porifera, Streptophyta, Nematoda, Euglenozoa, Basidiomycota, Chaetognatha, Phoronida, Ochrophyta, Chytridiomycota, Cnidaria

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2017-09-01 / 2019-06-30

Datos del proyecto

he annual campaigns MOOSE-GE, initiated in 2010, are part of the long-term observation network of the Mediterranean, MOOSE, network labeled SOERE Allenvi and SNO by the INSU in 2016 and 2019. This observation network aims to monitor the long-term evolution of the northwestern Mediterranean in the context of climate change and anthropogenic pressure, in order to be able to detect and identify the trend of environmental anomalies in this marine ecosystem. MOOSE aims to maintain an integrated and multidisciplinary observation network in the Mediterranean Sea in accordance with the marine infrastructures ILICO, EURO-ARGO and EMSO and the global networks OceanSites and OceanGliders in which MOOSE is involved. The objectives of these campaigns carried out in 2010, 2011 and 2013 on the Tethys II (INSU), in 2012, 2014, 2015 on the Suroît then in 2016, 2017 and 2018 on the Atalante, and in 2019 and 2021 on Thalassa are : annual maintenance of the 4 moorings LION, DYFAMED in leg 1 then Planier and Lacaze-Duthiers in leg 2 (automatic measurements, particle traps). mapping and monitoring the evolution of water mass properties, biogeochemical content and zooplankton communities. training for Master M2 Sorbonne University (OACOS, OEM) and ENSTA students. deployment and collection of Argo profiling floats

Título MOOSE-GE
Identificador https://doi.org/10.18142/235

Personas asociadas al proyecto:

Coppola Laurent

Métodos de muestreo

The MOOSE-GE network covers the north-western Mediterranean Sea, including the Lion Gulf and Ligurian Sea. Cruises in 2017, 2018 and 2019 were conducted respectively from 31 August to 23 September 2017, from 14 May to 06 June 2018 and from 08 June to 01 July 2019 with 16 biological stations in 2017 and 15 in 2018, and 18 in 2019. At each station, a rosette carrying 21 Niskin bottles (12 L) and equipped with a CTD (Seabird Electronics), measuring biophysical parameters at each depth (salinity, dissolved oxygen, fluorimetry, temperature) and a triple-net tow (64-200 and 500µm meshsizes) were deployed.

Área de Estudio northwestern Mediterranean Sea

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. MOOSE-GE metabarcoding pipeline (https://gitlab.osupytheas.fr/moose/moose-pipeline) Nextflow pipeline inspired by SAMBA pipeline allowing to process MOOSE-GE 18SV4 barcode data. Bioinformatic steps : - Data integrity - [OPTIONAL] Raw data integrity checking (SAMBA) - Importing raw data - Create QIIME2 objects (SAMBA) - Primers removal - Remove primers from raw reads (SAMBA) - QC and feature table - QC and feature table and counts table (SAMBA) - ASV clustering - [OPTIONAL] Distribution and phylogeny based clustering (SAMBA) - Taxonomic assignation - IDTAXA classifier assignation with PR2 v5.0 DECIPHER trained reference database - Phylogeny - ASV sequences alignement and tree (SAMBA) - Phyloseq - Create R-Phyloseq object

Metadatos adicionales